Po odsluženem vojaškem roku se je vrnil v Ljubljano je najprej delal v Mariborski tiskarni, pozneje pa se je odločil za poklic svobodnega književnika. Podobno kot Primož Kozak, Gregor Strniša idr. je pripadal kritičnim intelektualcem, ki so se v 50. in 60. letih zbirali okrog revij Beseda, Revija 57, Perspektive in Problemi. Z Odrom 57, gledališkim podaljškom Revije 57, je povezan njegov najbolj kontroverzni tekst – dramski feljton Topla greda, premierno uprizorjen 1964. Rožanc jo je napisal kot svoj literarni odziv na članek O dilemah našega kmetijstva, zaradi katerega je bil Jože Pučnik že drugič zaprt, ukinjene pa so bile tudi Perspektive. Prav Topla greda je bila povod za obračun z mladimi gledališčniki, ki so se zbirali okrog eksperimentalnega gledališča.
Rožanc se je po tej aferi umaknil iz gledališča in se posvetil romanom ter esejistiki. Njegova proza je izrazito avtobiografska, saj v njej išče odgovore na bistvena eksistencialna vprašanja preko lastnih doživetij. V romanu Ljubezen, ki je njegovo osrednje delo, je tako opisal svojo mladost in medvojna leta v Zeleni jami v Ljubljani skozi optiko odraščajočega otroka, ki z naivnostjo gleda na ideološke in druge delitve med ljudmi.
Od srede 60. let dalje se je intenzivno ukvarjal z esejistiko, v kateri je splošne probleme navezoval na svoje osebne izkušnje in jim skušal najti rešitve s pomočjo modernih religioznih piscev, kot so Kierkegaard, Berdjajev, Unamuno, Theilard de Chardin in Kocbek. Njegovi eseji so izhajali v številnih revijah, pozneje pa tudi v samostojnih knjižnih izdajah (Iz krvi in mesa, Evropa, Manihejska kronika). Prav zaradi njegovega odločilnega prispevka k razvoju esejistike pri nas so leta 1993 ustanovili nagrado za najboljšo esejistično zbirko, ki se imenuje po njem.
Marjan Rožanc je eden redkih pisateljev, ki je bil tudi športna legenda. Kot dolgoletni funkcionar športnega društva Slovan na Kodeljevem je veliko storil za razvoj športa na vzhodu Ljubljane.
Proza
Pravljica o modesti (1958)
Mrtvi in vsi ostali (novela, 1959)
Demon Iva Daneva (eseji, 1969)
Zračna puška (novele, 1971)
Slepo oko gospoda Janka (roman, 1972)
Ljubezen (roman, 1979)
Vstajenje mesa (novele, 1980)
Hudodelci (roman, 1981)
Metulj (roman, 1981)
Iz krvi in mesa (eseji o slovenskih mitih, 1981)
Roman o knjigah (roman, 1983)
Nebesa (roman, 1984)
Sentimentalni časi (roman, 1985)
Pravljica (novela, 1985)
Markov Evangelij (1987)
Evropa (eseji in legende, 1987)
Labodova pesem (1988)
Lectio divina (1988)
Svoboda in narod (dnevniški zapisi, 1988)
Indijanska zima (1989)
Manihejska kronika (eseji, 1990)
Umor (1990) (COBISS)
Brevir (eseji, 1991)
O svobodi in Bogu (izbrani eseji, 1995)
Uprizorjena gledališka dela:
Jutro polpreteklega včeraj (Gledališče Ad hoc, 1960)
Stavba (Oder 57, 1963)
Topla greda (Oder 57, 1964)
Zadnja večerja (Radio Trst, 1988)
Filmska dela po literarnih delih Marjana Rožanca:
Ljubezen (1984)
Hudodelci (1987)
Indijanska zima (1989)
Minuta za odmor (1996)
Nebesa (TV-nadaljevanka, 1970)