Prevaja iz desetih jezikov, med drugimi iz grščine, latinščine in hebrejščine. Poleg njegovih lastnih del je sodeloval tudi pri standardnem slovenskem prevodu Svetega pisma (1996) – prevedel in komentiral je evangelije ter več spisov, ki spadajo med tiste knjige Svetega pisma Stare zaveze, ki jih Judje in nekateri kristjani (zlasti protestanti) ne štejejo za svete. Poleg tega je opravil redakcijo celotne Nove zaveze ter prevedel in komentiral mnogo cerkvenih očetov: apostolske očete, apologete, Origena, Evagrija Pontskega, Gregorja iz Nise, Dionizija Areopagita in Maksima Spoznavalca. Prevedel in komentiral je celotni opus Platona, ki obsega več tisoč strani. Za ta prevod je leta 2005 prejel Sovretovo nagrado.
Napisal je tudi nekaj zbirk esejev, kot so Posredovanja (1996), Tistim zunaj: Eksoterični zapisi 1990-2003 (2004), za katero je prejel Rožančevo nagrado, in Razbitje: Sedem radikalnih esejev (2009) itd., ter pet pesniških zbirk: Tvoja imena, Trideset stopnic in naju ni, Certamen spirituale, Primož Trubar zapušča Ljubljano in Od Talesa do tebe. V pesmih poleg slovenščine uporablja tudi nemške in latinske izraze ter nekaj stavkov, zapisanih v bohoričici.
Njegova dela so prevedena v angleščino, nemščino, italijanščino, ruščino, češčino in srbščino.
