Spinoza je sprejel Descartesovo stališče, da pri znanstvenih spoznanjih lahko izhajamo le iz nedvomnih premis in jih razvijamo z logičnim sklepanjem. Hkrati pa je uvidel, da so nekateri problemi ostali nerešeni. Na primer o svobodni volji: kako je slednja mogoča, če vse določa znanost oz. če je vse, kar se zgodi, mogoče z logično nujnostjo izpeljati iz očitnih premis, in predvsem kakšno mesto zavzema Bog v takšnem sistemu? Če je vse dogajanje mogoče pojasniti z znanstvenimi zakoni in matematičnimi enačbami, potemtakem Bog ne obstaja. V zvezi s tem je prihajalo do velikih polemik; Isaac Newton je denimo razlagal, da je vesolje božja stvaritev, a ga je Bog prepustil samostojnemu delovanju v skladu z določenimi (naravnimi) zakoni. Tako je bil Spinoza največji panteist med zahodnimi filozofi. 

Poleg tega, da je bil filozof, je bil tudi prvi pomembni učenjak, ki je  Sveto pismo preučeval kot zgodovinski dokument. S tem je vpeljal t. i. filološko-zgodovinsko kritiko, ki se je uveljavila pozneje, v 19. in 20. stoletju.