Leta 1972 je diplomiral iz zgodovine in umetnostne zgodovine na Filozofski fakulteti Univerze v Ljubljani, leta 1978 magistriral, leta 1992 pa doktoriral z disertacijo Družba sv. Cirila in Metoda: 1885–1918.

Bil je: ravnatelj Slovenskega šolskega muzeja (1993–1998), prvi predstojnik Inštituta za slovensko izseljenstvo ZRC SAZU, prvi predstojnik Inštituta za kulturno zgodovino ZRC SAZU, izredni profesor na Univerzi v Mariboru.

Med njegovimi pomembnejšimi deli so Mal položi dar …: portret slovenske narodnoobrambne šolske organizacije Družbe sv. Cirila in Metoda 1885–1918, Prvih sto let Kranjsko-slovenske katoliške jednote in Nasmejana zgodovina v 189 slikah.

Bil je tudi ustanovni član stranke Nova Slovenija in se je leta 2000 udeležil državnozborskih volitev kot kandidat.

Andrej Vovko je s svojim obsežnim raziskovalnim, pedagoškim in uredniškim delom pomembno prispeval k proučevanju slovenske kulturne in narodne zgodovine.