Po vojni je bil redni profesor na Akademiji za gledališče, radio, film in televizijo, od 1966 tudi predsednik Slovenske matice. Poleg tega je za Slovenski biografski leksikon napisal približno 150 prispevkov in nadaljeval je z izdajanjem zbranih in izbranih del slovenskih literarnih ustvarjalcev. V okviru Zbranih del slovenskih pesnikov in pisateljev je izdal in komentiral štiri knjige Gregorčiča, dve knjigi Ketteja in deset knjig Stritarja, zunaj te zbirke je pripravil izbrana dela Fr. Bevka, za Mohorjevo družbo F. S. Finžgarja in I. Preglja, za Slovensko matico leposlovje, eseje in kritike Izidorja Cankarja. Pisal je tudi o drami in gledališču.
Koblar predstavlja v slovenski humanistiki osebnost, ki se je iz literarnega in gledališkega kritika preusmerila po letu 1945 v zgodovinopisca, in to pod vplivom zunanjih dejavnikov. Vključila se je v prevladujoči tok raziskovanja, ki sta ga poosebljala France Kidrič in deloma Ivan Prijatelj. Seveda se Koblarjeva koncepcija literarne zgodovine ne pokriva povsem s Kidričevo in Prijateljevo. Predvsem ni moglo ostati brez vpliva nanjo dvajsetletno spremljanje in ocenjevanje aktualne slovenske književnosti med vojnama. Miselne sestavine katoliškega ekspresionizma so namreč prešle v Koblarjevo literarno oz. gledališko zgodovino in živele v njej naprej.
Naposled je imel Koblar znotraj kulturnega in političnega dogajanja poseben položaj. Kot Izidor Cankar je tudi on prihajal v nasprotje z normativnim katolištvom. Preusmeril se je na druga področja dela. Poglavitni vpliv za vsebinsko preusmeritev je prihajal iz manj prijaznega 20. stoletja. Prikrito, čeprav radikalno mišljenjsko nasilje, uradno enoumje po letu 1945 pri nas je zahtevalo svoje. Sestavljeno iz spleta več dejavnikov, od najbolj osebnih do družbenopolitičnih in ideoloških, pomeni obsežno Koblarjevo zgodovinopisno delo zadnjega obdobja pomembno dopolnilo njegove kritične dejavnosti med vojnama.
Dvakrat je prejel Prešernovo nagrado: leta 1951 za delo na področju gledališke kulture, literarne zgodovine in kritike in leta 1969 za življenjsko delo na področju literarne umetnosti. Po smrti je prejel še Kidričevo nagrado za življenjsko delo s področja slovstvene zgodovine in teatrologije. Ob 100-letnici njegovega rojstva je izšel Koblarjev zbornik, v katerem so prispevki s kolokvija o osebnosti in delu prof. Franceta Koblarja. Po njem je imenovana tudi ulica v Ljubljani.
Bibliografija – celoten opus obsega več kot 1000 enot:
- Po dvanajstih letih: Ljudska igra v štirih dejanjih. Ljubljana: Jugoslovanska knjigarna, 1923
- Starejša slovenska drama. Ljubljana: DZS, 1951
- Novejša slovenska drama. Ljubljana: DZS, 1954
- Simon Gregorčič: njegov čas, življenje in delo. Ljubljana: Slovenska matica, 1962
- Dvajset let slovenske drame. Ljubljana: Slovenska matica, 1965
- Zgodovina drame: povzetki iz predavanj (1–5). Ljubljana, 1965–71
- F. S. Finžgar. Razmišljanja in pričevanja ob stoletnici rojstva. Spremna beseda h knjigi F. S. Finžgar Dekla Ančka – Strici. Celje: Mohorjeva družba, 1971
- Slovenska dramatika: (1, 2). Ljubljana: Slovenska matica, 1972
- Moj obračun (spomini), Ljubljana: Slovenska matica, 1976
- Koblarjevo pismo Borisu Ziherlu. Koblarjev zbornik, 1990
- Iz zapuščine Franceta Koblarja, Nova revija 18/209, 1999
- Delo Ivana Cankarja v »Zadrugi«. Ljubljana, 1941
- Jernej Levičnik in njegova pesnitev »Katoliška Cerkev«. Slovstveno-zgodovinski prispevek., 1941
