Lojze Kovačič svojega globokega nezadovoljstva z razmerami, v kakršnih mu je bilo dano živeti kamorkoli se je obrnil, ni usmeril v umetniški družbeno kritični angažma, njegova kritika je kvečjemu implicitna; skoraj vsa njegova literatura je usmerjenja v opisovanje, refleksijo, razgrajevanje in ponovno sestavljanje posameznika, sebe, svojega življenja. Na tej notranji točki sta se srečala življenje in umetnost, iz te točke je rasel impozantni opus življenjskih in hkrati literarnih fragmentov, ki so se sčasoma sestavljali v celoto. Tu se »nesmiselna resničnost« sooča z ranljivo človeško eksistenco, ki bi želela v strašni dobi dvajsetega stoletja najprej preživeti, potem pa po možnosti živeti še s človeškim dostojanstvom in v skladu s temeljnimi vzgibi kulturnega bitja.
Zato knjige njegove proze – Ljubljanske razglednice, Deček in smrt, Sporočilo v spanju in Resničnost, Preseljevanja, Pet fragmentov, Prišleki I-III, Basel, Kristalni čas, Zgodbe s panjskih končnic, Vzėmljohod – prinašajo veliko poročilo o posamezniku v času nasilja ideologij, upor krhkega individualizma zoper njihovo barbarsko polaščevanje, hkrati pa umetniško intenzivno izpovedovanje. Njegovo pisanje je bila svojevrstna vivisekcija predvsem lastne življenjske izkušnje, v katero so zvezana tudi življenja njegovih bližnjih. Z neusmiljenimi rezi je posegal v tkivo svoje duše in telesa; iz njegovih knjig je zrasla globoka, temna podoba človeka, izgubljenega v kaosu zgodovine, a hkrati človeka, ki vztraja in je sposoben prenesti vse, kar se mu dogaja.
Romani in novele:
- Ljubljanske razglednice (1956)
- Ključi mesta (1967)
- Deček in smrt (1968)
- Sporočila v spanju (1972)
- Pet fragmentov (1981)
- Prišleki (1983–1985)
- Basel (1986)
- Prah (1988)
- Kristalni čas (1990)
- Zgodbe s panjskih končnic (1992)
- Vzemljohod (1993)
- Književna delavnica – šola pisanja (1997)
- Otroške stvari (2003)
- Zrele reči (2009) …