Na oddelku za slovanske jezike in književnost je bil predavatelj že v mladosti, po prekinitvi pa izredni in redni profesor; v letih med 1978 in 1997 je bil vodja katedre za zgodovino hrvaške in srbske književnosti, nato njen predstojnik. Kot gostujoči profesor je poučeval tudi na univerzah v tujini, v Nemčiji, Italiji, Avstriji in drugod.
Rotarjevo strokovno, znanstvenoraziskovalno in predavateljsko delo v širšem smislu sodi na področje južnoslovanskih književnosti. Tudi kadar se posveča slovenski ustvarjalnosti, to analizira in preverja v povezavah z jeziki in književnostmi drugih južnoslovanskih narodov in kultur. Njegov strokovni in znanstveni pisni opus izkazuje tri temeljna področja: starejša obdobja (ljudsko in reformacijsko slovstvo), novejša in sodobna literarna ustvarjalnost ter živi, včasih tudi polemični odzivi na aktualni družbeni položaj slovenskega jezika, kulture in literature v Sloveniji in v zamejstvu.
