Od leta 1938 je bil profesor za občo zgodovino novega veka na Univerzi v Ljubljani, po drugi svetovni vojni pa je postal njen redni profesor. Med letoma 1952 in 1954 je bil rektor Univerze v Ljubljani. Leta 1953 je postal dopisni, leta 1958 pa redni član Slovenske akademije znanosti in umetnosti (SAZU).
Med njegova pomembnejša dela sodijo Starejša kranjska mesta in meščanstvo, Prebivalstvo na Slovenskem od XVIII. stoletja do današnjih dni in dela o nacionalnem ter koroškem vprašanju. Zwitter je pomembno vplival na razvoj slovenskega zgodovinopisja in velja za enega osrednjih predstavnikov slovenske zgodovinske znanosti 20. stoletja.
