Deloval je v številnih državah Evrope, Azije in Bližnjega vzhoda, med drugim v Egiptu, Kuvajtu, Katarju, Omanu, Indiji in na Kitajskem. Posebej znan je postal po projektih zaščite arheološke dediščine in zgodovinskih spomenikov. Razvil je tudi patentiran sistem zaščite arheoloških najdb ARCH-IN-SITU, ki omogoča ohranjanje dediščine neposredno na mestu odkritja.
Poleg arhitekturnega dela je dejaven tudi kot publicist in humanitarec. Svoje življenje, potovanja in strokovne izkušnje je opisal v knjigi Utrinki arhitektove življenjske poti (2019). Leta 2023 je izdal tudi knjigo Kočevski proces, v kateri raziskuje usodo svojega brata Borisa Kovača, ki je bil med drugo svetovno vojno obsojen in usmrčen.
Milan Zdravko Kovač se že vrsto let zavzema za ohranitev pomembnih zgodovinskih delov Ljubljane. Javno nasprotuje gradnji podzemnih garaž pod Plečnikovimi tržnicami, saj meni, da bi s tem uničili dragocene arheološke ostaline stare Ljubljane in dragoceno Plečnikovo dediščino. Hkrati se bori tudi za ohranitev stare ljubljanske železniške postaje, ki jo vidi kot pomemben kulturni in arhitekturni spomenik. V svojih člankih, knjigah in javnih nastopih opozarja na pomen zaščite kulturne dediščine ter predlaga rešitve, ki bi omogočile razvoj mesta brez uničevanja zgodovinskih vrednot.
Za svoje delo na področju arhitekture in ohranjanja kulturne dediščine je prejel več priznanj, med drugim tudi platinasti svinčnik Zbornice za arhitekturo in prostor Slovenije.
